Спустя 21 год со дня чудесного обретения, в пору тяжёлых событий Смутного времени 1608-1614 гг., Ярославская-Казанская икона Божией Матери стала считаться Покровительницей Ярославля.
С 30 апреля 1609 г. началась осада города - поляками были захвачены дальние пригороды. Враг был на подступах к городу - посаду. В те дни дьякону Елиазару от чудотворной иконы было веление Матери Божией поставить храм в честь Казанского Её образа, и тогда Она будет им городу "твердыня и стена, паче всякие ограды...".
В то же время инок Галактион (в миру Герасим, принёсший чудотворную икону из Казани), молившийся у мощей Ярославских Свв. князей о спасении города, вдруг услышал повеление построить храм в честь Казанской иконы Богоматери здесь в Ярославле, на месте, которое Она благоизволит своей милостью. Через 24 дня поляки, потеряв значительное число своих сил, сняли осаду города и отступили. Жители увидели в этом заступничество Божией Матери.
И в 1610 г. на пустопорожнем месте в северо-западной части посада - Земляного города - у заболоченного древнего источника (р. Нечети) возведён был деревянный храм в честь защитившей город Ярославской Казанской иконы Пресвятой Богородицы.

В настоящее время местонахождение Ярославской Казанской иконы Пресвятой Богородицы неизвестно. Сохранился лишь фотоснимок с чудотворного образа.
Однако сразу после открытия обители в конце августа 1998 года архиепископ Ярославский и Ростовский Михей передал список с чудотворного образа, выполненный монахинями монастыря до его закрытия и разграбления.

Празднество в честь иконы совершается 8/21 июля.